守护者之塔
凝聚了强大以太力量，也是诺克斯力量根源的「以太种子」最初所在之地。守护者们齐聚守护者之塔，预感新一轮大战即将展开。在塔洛斯与哈坎军团的袭击下，守护者塔被彻底摧毁，诺克斯也与归来的塔洛斯正面交锋，以太种子随之失落。
揭开新世纪序幕的神秘能量「以太」，为这个时代的人类文明开启了通往超人类的道路。觊觎以太的外星种族「哈坎」发动了侵略，而人类与友好种族「涅瑞伊德」联手，历经一场大战后终于取得了胜利。然而哈坎舰队再度袭击太阳系，与本部的联系中断之际，守护者们紧急集结——新的战争，就此展开。
令人震惊的是，率领哈坎舰队的竟是来自地球、曾与诺克斯一同结束大战争的英雄——塔洛斯。诺克斯曾多次警告守护者们，塔洛斯总有一天一定会引发新的大战争。这次他所觊觎的目标，是凝聚了强大以太力量，也是诺克斯的力量根源的「以太种子」。在塔洛斯与哈坎军团的袭击下，守护者塔被彻底摧毁，诺克斯也与归来的塔洛斯正面交锋。最终，诺克斯战败，就连以太种子也被夺走。
伊丹平原正遭受哈坎贝拉托尔军团的猛烈攻击。玩家将与原核级守护者杜克及雷伊并肩作战，合力击退来袭的贝拉托尔军团，并寻找失联的雅莉亚。所幸，雅莉亚平安无事，就在众人准备返回守护者塔之际，神殿内的石像突然绽放光芒，安置于石像中的以太种子随之苏醒，并融入玩家体内。以太种子宣告玩家已被选为「魔剑奇兵的守护者」。
诺克斯原本计划抢在塔洛斯之前寻回以太种子，并率先夺回月球轨道圈。然而，一道突如其来的支援请求打乱了所有部署。金星上的涅瑞伊德族是一群以高超的以太魔法与魔法工学闻名的种族，且曾是守护者的强大盟友。但近期艾琳女王突然失去了以太之力，使她在对抗来自地球的哈坎残党时陷入苦战。在扫荡的过程中，一个令涅瑞伊德族长期苦战的幕后黑手终于现身。
幕后黑手竟是迈欧斯王子，他为了夺取王位，与哈坎暗中勾结，企图将以太种子献给塔洛斯来换取权力。为了夺得种子，他前往圣域深处的古代神殿，守护者则紧随其后。神殿内充满混沌之力，变得极为凶残的古代女王佩涅忒拉现身，并处决了迈欧斯。守护者与佩涅忒拉交锋，并在战斗中证明了自己有资格获得以太种子。
然而，塔洛斯的现身是莱加图斯军团长阿基杜斯提前设下的陷阱，所幸守护者一行人成功化解了危机。在守护者活跃的行动下，莱加图斯军团遭受重创，就连阿基杜斯也败给了守护者。为了追踪梅迪亚人手中疑似持有的以太种子，守护者们踏上了前往奥库鲁斯群岛的旅程。
梅迪亚人在过去与哈坎的战役中惨败，并失去了领袖。为了召唤封印于审判之塔中的埃特菈大祭司，他们筹划着一场将罗根族献祭于「黑暗次元」的仪式。守护者深入「深渊」，成功救出被囚禁的昆塔。最终，虽然埃特菈成功脱离封印，却被守护者击败，并被夺走她所持有的以太种子。
根据诺克斯的说法，海王星是古代银河文明时期，泰坦文明的发源地，而他们带来的「以太种子」，正是新世纪力量的起源。守护者在协助海王星防卫军的过程中，发现伊莫西恩正在大规模收集泰坦灵魂石。守护者与调查团原型机阿尔克尔联手，逐步揭露操纵伊莫西恩的德雷克之阴谋，他的野心最终被守护者挫败。
守护者依诺克斯之命被派遣至火星的莫尔兰特地区，但抵达当地后，与萝希娜的通讯却突然中断。守护者在崩坏的司令基地中遇见兰蒂少校，协力救出残存的防卫军兵力，并将他们撤离至灰烬山。击败邦杜斯后，守护者成功救出萝希娜，并一同逃出要塞。